Quân đội Thổ Nhĩ Kỳ tiến vào

Khi những tốp lính Hy Lạp cuối cùng rút khỏi Smyrna tối thứ sáu ngày 8 tháng 9, những thành phần đầu tiên của lực lượng của Mustafa Kemal, một sư đoàn kỵ binh Thổ Nhĩ Kỳ, tiến vào thành phố từ phía bắc bến cảng, thiết lập trụ sở tại tòa thị chính gọi là Konak.[31][32] Chỉ huy quân đội ban đầu là Mürsel Pasha rồi đến Nureddin Pasha, Tướng của Tập đoàn quân 1 Thổ Nhĩ Kỳ. Ngay từ đầu, sự xâm chiếm thành phố của Thổ Nhĩ Kỳ diễn ra trong trật tự. Sáng ngày 9 tháng 9, ít nhất 21 tàu chiến Đồng Minh neo đậu ở cảng Smyrna, bao gồm tàu đô đốc HMS Iron Duke và King George V của Anh, cùng với hạm đội gồm tàu tuần tiễu và tàu khu trục dưới sự chỉ huy của Đô đốc Osmond Brock, tàu khu trục USS Litchfield, Simpson, và Lawrence của Hoa Kỳ (sau còn có Edsall), ba tàu hải dương và hai tàu khu trục Pháp dưới sự chỉ huy của Đô đốc Dumesnil, và một tàu tuần tiễu và một tàu khu trục Ý.[33][34] Để đề phòng, thủy thủ và binh lính từ hạm đội Đồng Minh lên bờ để canh gác những khu vực tương ứng nhằm duy trì tính trung lập trong trường hợp bạo loạn xảy ra giữa người Thổ và người Công giáo.[35]

Ngày 9 tháng 9, binh lính Thổ bắt đầu phá vỡ trật tự và kỷ luật, nhắm vào dân cư người Armenia, cướp phá cửa hàng, nhà cửa, tách biệt đàn ông với phụ nữ, đồng thời đem bắt và tấn công tình dục những người phụ nữ đó.[36][37] Vị giám mục đô thành Chính thống giáo Hy Lạp, Chrysostomos, bị tra tấn và chém đến chết bởi một đám người Thổ Nhĩ Kỳ trước sự chứng kiến của binh lính Pháp, những người được lệnh không can thiệp bởi chỉ huy của họ và được sự đồng ý của Đô đốc Dumesnil.[36][38]

Nạn nhân của những cuộc thảm sát của quân đội Thổ Nhĩ Kỳ còn bao gồm công dân nước ngoài. Ngày 9 tháng 9, thương gia Hà Lan Oscar de Jongh và vợ bị sát hại bởi kỵ binh Thổ Nhĩ Kỳ,[39] còn một bác sĩ Anh bị đánh đến chết ở trong nhà, trong lúc ngăn cản một cô hầu gái bị cưỡng hiếp.[40][41]